Sau thất bại, Wallace từ bỏ phần nhiều hoạt động chính trị và quay về với quan tâm trồng trọt của mình, lui về sống ở South Salem, New York. Những năm về sau ông đạt được một số tiến bộ trong lĩnh vực nông học, bao gồm một việc nhân một giống gà mà từng có thời điểm chiếm đại đa số tất cả số gà đẻ trứng trên toàn cầu. Trung tâm Nghiên cứu Nông nghiệp Henry A. Wallace Beltsville, tổ hợp nghiên cứu nông nghiệp lớn nhất thế giới của Bộ Nông nghiệp Hoa Kỳ, được đặt theo tên ông.

Năm 1950, khi Bắc Triều Tiên xâm lược Nam Triều Tiên, Wallace cắt đứt với Đảng Tiến bộ và ủng hộ nỗ lực của Liên Hợp Quốc do Hoa Kỳ đứng đầu trong Chiến tranh Triều Tiên.[10] Trước đó, khi Vladimir Nikolayevich Petrov, một người bạn và là người sống sót trại gulag công bố những chi tiết của chuyến đi của Wallace tới Magadan, Wallace chính thức xin lỗi vì đã để Liên Xô lừa và ngụy tạo hiện trường.[19] Dưới thời Chủ nghĩa McCarthy, ông phải ra điều trần tại Tiểu ban An ninh Nội địa của Thượng viện, và như ông viết trong nhật ký ông chỉ kém tay gangster Lucky Luciano trong các cuộc thăm dò dư luận về danh hiệu "người ít được tán thành nhất nước Mỹ". Năm 1952 Wallace xuất bản Where I Was Wrong, trong đó ông giải thích thái độ dường như tin tưởng Liên Xô và Joseph Stalin bắt nguồn từ sự thiếu thông tin về tội ác của Stalin, và rằng từ giờ ông tự xem mình là người chống cộng.

Ông viết một loạt lá thư cho nhưng người ông nghĩ là vu khống mình và kêu gọi ủng hộ Tổng thống Dwight D. Eisenhower tái đắc cử năm 1956.[10] Năm 1961 Tổng thống John F. Kennedy mới được bầu mời ông tham gia buổi lễ nhậm chức, mặc dù Wallace từng ủng hộ đối thủ của Kenedy là Richard Nixon, khiến cho Wallace xúc động.[10]

Wallace lần đầu tiên thấy triệu chứng teo cơ bên vào năm 1964.[20] Ông mất do bệnh này ở Danbury, Connecticut, ngày 18 tháng 11 năm 1965.[10][21] Thi hài của ông được hỏa táng tại Nghĩa trang Grace ở Bridgeport, Connecticut, và tro được an táng tại Nghĩa trang Glendale, Des Moines, Iowa.